Fondul funciar al localității constituie 1187,53 ha. Cea mai mare parte ocupă terenul intravilan – 564,52 ha. sau 47,6% din suprafața totală. Orașul Lipcani practic nu dispune de terenuri cu destinație agricolă, astfel unica sursă de dezvoltare a localității este industria urbană. Pe teritoriul orașului sunt 2 iazuri cu o suprafață totală de 4 ha, de asemenea în partea de vest a orașului pe o lungime de circa 3 km. curge râul Prut, al doilea ca mărime din republică.