Expoziția este alcătuită din șapte compartimente, extinse în toate sălile de la etaj, ocupând o suprafață de 1400 m.p. Discursul istoric susținut de expoziție se desfășoară din paleolitic până la finele deceniului al cincilea al secolului XX.

Compartimentul „Evoluția omului în preistorie”
Compartimentul reflectă aspectele definitorii ale dezvoltării comunităților umane din epoca pietrei cioplite până în perioada evului mediu timpuriu. Componentele tematice esențiale au în vedere multiplele aspecte ale evoluției societaților care au populat teritoriul dintre Prut și Nistru din cele mai vechi timpuri și reflectă relațiile indisolubile ale omului cu mediul ambiant, dar și dezvoltarea evolutivă a diverselor forme ale economiei bazate pe creșterea animalelor, cultivarea cerealelor și practicarea mesteșugurilor.

Compartimentul „Istorie antică și ev mediu timpuriu”
Epoca romană este reprezentată prin variate piese, printre care și un set de vase romane din bronz și din lut, descoperite într-un mormânt sarmatic de lângă satul Olănești, raionul Ştefan-Vodă, între care și o raritate - un vas de lut în formă de berbec.

Compartimentul Istorie Medievală (sec. XIII-XVIII)
Compartimentul este consacrat culturii materiale a secolelor XIII-XVI, care reprezintă perioada constituirii și evoluției statului medieval Moldova. Circuitul expozițional debutează cu o serie de obiecte provenite de la Costești, oraș medieval al Hoardei de Aur, ce a existat câteva decenii la mijlocul secolului XIV, ca centru meșteșugăresc și comercial, cu populație eterogenă adusă de tătaro-mongoli din alte zone.

Compartimentul „Basarabia în secolul al XIX-lea”
Compartimentul reflectă istoria Basarabiei epocii moderne. În urma războiului ruso-turc din 1806-1812 (purtat pe teritoriul Principatelor Române - Moldova și Valahia), care s-a sfârșit cu încheierea Tratatului de la București din 16/28 mai 1812, are loc anexarea de către Imperiul țarist a părții răsăritene a Principatului Moldovei (teritoriul dintre Prut și Nistru), prin extinderea frauduloasă a denumirii de Basarabia la toate ținuturile dintre Dunăre și Hotin (raialele turcești - Hotin, Bender, Ismail - anexate și ele).

Compartimentul „Basarabia în prima jumătate a sec. XX”
Compartimentul expozițional dedicat epocii contemporane, debutează cu o serie de piese ce reflectă mișcările social-culturale de la începutul secolului al XX-lea, primul Război Mondial și mișcarea națională din anul 1917, care a culminat cu crearea primului parlament basarabean - Sfatul Ţării și Unirea Basarabiei cu România...

Compartimentul „Războiul al Doilea Mondial și represiunile staliniste”
Compartimentul reunește mărturii documentare despre al Doilea Război Mondial și represiunile politice din perioada dictaturii staliniste. Numeroase fotografii, documente, piese de vestimentație militară, scrisori de pe front, obiecte ale foștilor combatanți reconstituie calvarul războiului care a provocat moartea a milioane de oameni și a cauzat pierderi materiale incomensurabile...

Compartimentul de cultură spirituală
Amplasat în Sala Albastră, compartimentul reunește piese muzeale de cult, care reflectă cultura spirituală și identitatea religioasă a locuitorilor republicii. Valorile artistice și spirituale expuse oferă un cadru informativ pentru cunoașterea tradițiilor figurative ale credincioșilor de rit ortodox, catolic și mozaic și ilustrează bogăția spirituală și frumusețea divină