Istoria Muzeului începe în anul 1889, când Zemstva Basarabiei a organizat Expoziţia Agricolă şi Industrială, care a şi stat la baza fondării instituţiei muzeale.
A creat numeroase expoziţii care au pus în valoare lumea animală şi vegetală, bogăţiile naturale ale ţinutului și care au reflectat îndeletnicirile populaţiei. Piese din colecţiile muzeului au fost prezentate la diferite expoziţii organizate în multe ţări din Europa, Asia, America şi Africa.
Expoziţia permanentă activează cu genericul „Natura. Omul. Cultura” cu o suprafaţă de 2000 m2 dezvăluie evoluţia corelaţiei Om-Natură la diferite etape ale dezvoltării societăţii, evoluţia lumii organice, dinamica utilizării resurselor naturale, sinteza creatoare Om-Natură, situaţia ecologică din Republica Moldova şi căile de ameliorare a ei.
