История музея начинается в 1889 году, когда земством Бессарабии была организована Сельскохозяйственная и промышленная выставка, на основе которой было основано музейное учреждение.
Создались многочисленные выставки, освещающие животный и растительный мир, природные богатства земли, отражающие занятия населения. Предметы из собраний музея были представлены на различных выставках во многих странах Европы, Азии, Америки и Африки.
Постоянная экспозиция активизируется общим названием «Природа. Человек. Культура» площадью 2000 м2 раскрывает эволюцию соотношения Человек-Природа на разных этапах развития общества, эволюцию органического мира, динамику использования природных ресурсов, творческий синтез Человека-Природы, экологию. ситуация в Молдове и пути ее улучшения.
