Впервые Единцы упоминаются в грамоте Александра Доброго, по которой земля между реками Чугор, Раковец и Прут выделялась ворнику Ивану Купчичу для основания сёл. С 1835 года Единцы — местечко Хотинского уезда Бессарабской губернии.
Евреи составляли большинство населения в XIX — начале XX века. В 1897 году из 10211 жителей насчитывалось 7379 евреев. Значительная часть иммигрировала в начале XX века в страны Латинской Америки (в том числе Бразилию, Аргентину, Венесуэлу, Чили), Палестину и США. В первые месяцы Второй мировой войны не успевшие эвакуироваться евреи были депортированы сначала в пересыльный лагерь-гетто в Вертюжанах, а затем в Транснистрию, откуда многие не вернулись.